Гидрографическая сеть территории представлена реки Ишим с ее притоками (Исток, Карасуль, Мергенька), а также малым торфяным болотом и несколькими водоемами с замедленным водообменом: озера Аникино и Чертовое, старицы Ишимчик, Карнаушиха, Долгое и др.

Питание рек преимущественно снеговое. Уровневый режим рек характеризуется началом весеннего подъема в апреле и достигает пика через 10-16 суток. В июле на реках устанавливается летне-осенний низкий уровень, ежегодно прерываемый дождевыми паводками. С октября устанавливается зимний уровень. Он очень устойчивый, амплитуда колебания уровня воды не превышает 10-20 см.

Ледовый период характеризуется устойчивым ледоставом, который устанавливается на реках в кон. октября - нач. ноября. Лед ровный, толщиной 50-70 см. Вскрываются реки в апреле. Ледоход продолжительностью 2-5 дней отмечается в многоводные годы, проходит бурно, образуя заторы у мостов или в районе крутых излучин.

Наибольшая среднемесячная температура воды в реке Ишим отмечается в июле и достигает 30-35 °С. Средняя продолжительность периода с температурой воды выше 16 °С - около 60 дней. Вода умеренно жесткая в паводок и жесткая при низком уровне. В период половодья отмечается повышенное содержание в воде рек железа, органических веществ.

Сток реки Ишим происходит в замкнутые понижения рельефа и озерные котловины. Следствием этого является множество больших и малых озер. Так, на территории Ишимского района имеется 89 прудов и стариц и 53 озера. Большинство из них мелководные, хорошо прогреваемые и богатые органической жизнью водоемы. Многие имеют смешанное атмосферно-грунтовое питание и характеризуются непостоянным уровнем воды. Преобладают озера пресноводные (как Плоховое), но есть и соленые (как Горько-Соленое). Озера Кислое, Травное - бессточные, солоноватые и горьковатые. В целом территория Приишимья характеризуется наличием бессточных озерных котловин, которые иногда перехватывают поверхностные и подземные воды, отрицательно влияя этим на формирование стока реки Ишим. 

  В реке Ишим водятся следующие виды рыб: голец, елец, ерш, лещ, налим, окунь, пескарь, плотва, судак, щиповка, щука и др. Эти же рыбы встречаются и в малых х, и в старицах, т. к. заходят в Ишим во время половодья. В озерах и на промерзающих до дна участках рек обитают караси (серебряный и золотой) гольян озерный и ротан. Редких рыб, занесенных в Красную книгу, в водоемах нет. Изредка в уловах рыбаков встречается нельма, которая заходит в реку Ишим с ее низовьев.